Yo mejor haria:

en el cd busca el directorio donde esta instalar, ese es el directorio de instalacion

Copia todo su contenido al disco duro, si quieres en otra particion como dice sabito, pero como no tienes herramientas yo crearia un directorio win98ori y lo copiaria alli, asi tendras el original para instalar drivers, ...

Una vez hecho esto, ya puedes arrancar con el disco duro, diskette, ... entras en c:\win98ori y ejecutas instalar

pd: si solo copias el directorio comentado, el instalador de windows solo te ocupara unos 120 mb