hola,

si te da el mensaje "windows98 ha detectado que la unidad C no contiene una partición FAT o FAT32" casi seguro que tienes el disco en NTFS, y arrancando desde un disco de W98 no se ve el disco, si lo que quieres es formatear el hd, una vez arrancado con el diskette ejecuta FDISK, borra las particiones que tengas y crea una particion primaria nueva, despues formatea el disco,

un saludo.