Veamos: En un explorador web (internet explorer, por ejemplo) pones
ftp://tustio.com o ftp://subdominio.sitio.com o lo q sea
Aparecerá una pantalla pidiendote login y password. Se supone q estos datos los debes conocer, te los debe haber proporcionado el ISP.
Una vez que accedes, te aparecerá como cualquier carpeta de windows.
En un explorador de windows abres la carpeta donde tienes los archivos a subir al server.
Copias de una y pegas en otra. Windows automaticamente reconoce los ficheros y sabe si enviarlos en modo ascii o binary, por lo que de este paso debes olvidarte. Una vez copiados en el servidor (en la carpeta FTP que se ha abierto en el explorador web) ya lo tienes listo.

lo podras probar en un explorer. Si te aparece lo anterior recuerca la cache. limpiala y deberas ver lo actualizado
Saludos