Para que no te calientes la cabeza:

1º localiza la antigua ubicacion del panel de contol con lo siguiente:
cd /
find . -name "cpanel.xml"

2º Sustituye el fichero que encuentre por el que tu tengas en tu pc mediante algún programa ftp cliente, recordando que la transferencia debe ser hecha en modo ascii.

3º Boton azul, instalar la scam y a continuacion las keys de mary.

Tanto lo de la scam2.4 como las keys de la misma ( mary's keys ) a traves del boton azul.

Realmente el cpannel.xml lo que contiene es la lista/url's de los add-ons ( emus, keys, skins, plugins )

Por eso que tengas que actualizar el panel de control.

Suerte.