Pues hasta donde yo conozco si, las capas son fijas (posicionamiento abosluto y no relativo) y se pueden relacionar con otras capas pero no con otros elementos, no se hace una reorganizacion. Por eso lo mejor es hacer el diseño a 800x600 y a la izquierda (como ejemplo repsolypf) así aunke se varie el ancho, siempre te quedarán las cosas a la izquierda y la capa, presumiblemente donde debe ir. Respecto a que la capa no quede en el navegador como en dreamweaver, es logico, la ventana del preview de dream es mucho mas pequeña que un navegador y es a modo de preview, solo eso (algun fallo tenia q tener, recuerdas el prontpage??)
Como bien dices, las capas son buenas para propósitos muy especificos, no para el diseño de un web entero, y al ser abosulo, se corre el riesgo de que no quede como "debiera". Lo siento por no poder ayudarte mas.