Sí, hay incompatibilidades, no puedes tener ambas activas a la vez porque los drivers son los mismos. Tienes dos opciones:
-andar desactivando una y activando la otra cada vez que quieras cambiar de sistema (desde el administrador de hardware de Windows) con lo que en más de una ocasión te pedirá el CD de instalación.
-crearte dos perfiles de hardware diferentes (cada uno con una tarjeta activada y la otra desactivada), con lo cual te tocará reiniciar Windows cada vez que quieras cambiar de sistema.