En principio no tiene que haber ningun problema para conectar el JTAG con el deco encendido.

Si se introduce bien el el conector sin forzar la placa y el software no esta realizando ninguna operacion de lectura/escritura, no tiene porque suceder nada.

Con el jtag de resistencias.

La razon es simple no conectamos ningun cable con tension todos estan limitados por las resistencias. Ademas cuando conectamos el jtag algunas de las patillas que llevamos a masa es precisamente para habilitar la escritura, el jumper lo que hace es interrumpir esa patilla en concreto.

Lo que he visto del circuito impreso y lo que he leido acerca del micro me ha llevado a esa conclusion.