Yo cuando pillo una peli con desfase. Le saco el audio con cualquier programa (virtualdub, goldwave,...) y lo recomprimo a mp3 pero OJO! tiene que estar en CBR "constant bitrate" si recomprimes un mp3 en VBR "variable bitrate" te la juegas a que desfase el audio.

Ese es el tipico error que comete la gente cuando ripea pelis, q el audio lo pone en VBR. No se si sera este tu caso.

Suerte