cierto, no creo que sea problema del sistema de archivos. Yo he tenido XP bajo fat32, y he visto mil ordenadores con XP en discos duros formateados con fat32.
La verdad que parece un poco raro.
Yo probaba con las 2000. Ya que estás arrancan desde disquette. Píllate las 2000, desde el cd puedes hacer los discos de arranque, son 4. E inicia con ellos. Las 2000 también permiten formatear y utilizan nfts. Después, si quieres xp, haz una actualización...