Ya he podido compilar el programa y al correrlo me da lo siguiente:
====================================
WRT54G/GS EJTAG Debrick Utility v4.8
====================================

Probing bus ... Done

Instruction Length set to 5

CPU Chip ID: 00000000000000000000000000000000 (00000000)
*** CHIP DETECTION OVERRIDDEN ***

- EJTAG IMPCODE ....... : 00000000000000000000000000000000 (00000000)
- EJTAG Version ....... : 1 or 2.0
- EJTAG DMA Support ... : Yes

Issuing Processor / Peripheral Reset ... Done
Enabling Memory Writes ... Done
Halting Processor ... <Processor did NOT enter Debug Mode!> ... Done
Clearing Watchdog ... Done

Manual Flash Selection ... Done

Flash Vendor ID: 00000000000000000000000000000001 (00000001)
Flash Device ID: 00000000000000000010001001001001 (00002249)
*** Manually Selected a AMD 29lv160DB 1Mx16 BotB (2MB) Flash Chip ***

- Flash Chip Window Start .... : 1fc00000
- Flash Chip Window Length ... : 00200000
- Selected Area Start ........ : 1fc00000
- Selected Area Length ....... : 00200000

*** You Selected to Backup the WHOLEFLASH.BIN ***
todo lo que lee son 0000000.... aunque hay una cosa que esta bien, la flash device ID corresponde con Macronix. Quiere decirse que ha ido a leer a la flash, aunque no a la zona de datos. Lo que no sale es la implementación, que con el e_jtag si.
Edito para corregir, el ID no es de macronix, es AMD y MANUALLY SELECTED, como bien dice el programa. Me da la impresion que no lee nada del puerto.