Si tengo que apostar, tu disco duro se muere, y no le quedan más de dos telediarios.

Una posibilidad es que los conectores no estén bien metidos en el disco o en la placa base, pero no tendrás esa suerte.

El sistema SMART que comentas es un protocolo por el cual el disco informa de sus errores, si te aparecen, tienes que vigilar el disco. Si adicionalmente aparecen errores crc en los ficheros que has metido después de una nueva instalación de sistema (asumo que formateaste al instalar) te está diciendo que los datos se graban, o leen, o ambas cosas, mal.

Muy mal rollo. Si fuera tú, me plantearía seriamente comprar otro disco para evitarme problemas y quebraderos de cabeza.

Otra cosa es que te vaya la marcha... En ese caso, lo primero es pasar algún programa de test, preferentemente el que sea de la marca de tu disco duro y que estará en la web del fabricante.
Si ves que hay problemas, puedes hacer un formateo [I][U]a bajo nivel[/U][/I], que a veces ayuda, y volver a chequear.

Y no te olvides, que un disco duro que ha dado problemas serios, tenderá a volver a dar problemas tarde o temprano.

Suerte.