Puedes hacer dos cosas pq me temo q el problema, aunke es raro pueda ser por subirlas ascii o binary
Desde un explorador web poner la direccion ftp://xxxxxxx en vez de http o bien irte al msdos (o cmd en ejecutar, si tienes XP)
te vas a la carpeta donde tengas los archivos
y pones ftp www.xxxxxxx.com
te pedira user y pass, pos se lo pones.....
si subes archivos de texto o html en el shell pones "put archivo" (sin las comillas)
Ejem: >put pagina.htm
y la subira
tambien puedes subir varias a la vez
>mput *.htm

y si son archivos binarios (fotos, peliculas flash.. y demas) deeis poner antes de subir nada
>binary
Pondra open mode.....
y ya igual q antes, put o mput

Espero ayudarte.....