Sin saber mucho mas de las condiciones en las que hiciste las fotos y por lo poco que entiendo de camaras se me ocurre que el problema puede ser el siguiente.
- El modo de reduccion de ojos rojos, se suele conseguir emitiendo las camaras un fogonazo de flash antes de echar la foto. De este modo, se dilata la pupila y se evita el ojo inyectado en sangre.
- Si lo has echo con la Reflex y con el objetivo que comentas, supongo que el retratado estaria a una cierta distancia (desde luego, bastante mas lejos que con el objetivo 55mm). Si esto es asi, el fogonazo del flash es probable que no llegase al objetivo (ya sabes que los flash tienen una distancia efectiva) y por tanto no se dilato la pupila.

Esta es mi opinion sobre el tema. No estaria mal que alguien lo confirmase.

Sobre el software, ya te han dicho algunos.

Un saludo.