cuando dices que solo corta a 90º, quiero entender que no ovedece al termostato de ambiente, si es así lo que la hace parar es el termostato de seguridad de la caldera, para que el agua no adquiera mas de 90º.

lo primero es desconectar en la caldera el cable que viene del termostato de ambiente, en esta situacion la caldera solo tendria que tener encendido el piloto de llama y no prender la llama de los quemadores, si esto fuera asi el problema seria del termostato de ambiente.

si sigue quemando sin parar puede ser o bien que al desconectar la bomba de circulacion para cambiar el condensador por herror se hayan quedado cruzados o tocando los terminales de la conexion del termostato de ambiente o que haya habido alguna sobretension y ademas de cargarse el condensador de la bomba se haya cargado algo de la parte electrica del circuito de regulacion. como no tengo el esquema no te puedo indicar nada mas.

para salir al paso de la situacion te sugiero pongas un reloj programador de los que tienen las pestañitas para la programacion (son los mas varatos ) y le vas marcando paradas y encendido cada 15 ó 20 minutos y asi no gastaras tanto gas.
suerte