El diodo 1N5822 te aguanta hasta 3A, mientras que el BY299 te aguanta 2A. El primero es un diodo Schottky (diodos que por sus características sirven muy bien para conmutaciones rápidas.. Fuentes conmutadas, etc). El segundo es un diodo "Fast switching for high efficiency" que posee un tiempo de recuperación inversa de 150 nsg, por lo que no creo que tenga problema por los tiempos de conmutación para ese uso tampoco.

Aparte de la corriente máxima que admite uno y otro, la principal diferencia es la tensión "Uf", siendo evidentemente mayor en el diodo de silicio(1,3v) que en el schottky(0,5v). Esa tensión que cae en la unión PN de los diodos puede afectar al funcionamiento del circuito, por ejemplo si ese diodo aplicara una tensión a un comparador.

En resumen, mas que el soporte de corriente, yo pienso que el principal inconveniente podría ser esa caida de tensión en la unión del diodo de silicio. Por lo demas, si esa tensión no es determinante para el funcionamiento del circuito, si podría funcionar correctamente.