bien, el problema que tienes es que el disco donde quieres instalar W98 posiblemente tenga sistema de archivo NTFS, que no es visible desde DOS ni desde W98, es por eso que no puedes formatearlo, para ello arranca con el disco de inicio de W98 y escribes FDISK C: borras las particiones que tengas, casi seguro que una, que será la primaria, una vez borrada la vuelves a crear en FAT32, sales y formateas,

para evitar que te confundas de disco y la montes parda, lo mejor es que desconectes el otro disco,

un saludo.