Los problemas de conexión, por lo general, suelen ser por 'glitches' en las lineas del puerto paralelo.
He observado que estos errores los produce windows a traves del driver del puerto paralelo. Probablemente haga un polling periódico para detectar dispositivos PnP.
Una solución, en windows XP, seria deshabilitar el puerto desde el administrador de dispositivos, para que el programa tenga el acceso exclusivo. En 98 sería algo similar (no me acuerdo)...
Tambien es bastante útil que configureis el puerto paralelo en la BIOS como SPP o Standard.
Otra cosa que parece que favorece bastante la comunicación, sobre todo con retardos pequeños, es el valor de las resistencias. Entre 68 y 50 ohm va de lujo con retardo 1. Tambien podrian eliminarse, pero podriamos cargarnos el deco en caso de cortocircuito accidental.

En cuanto a lo que te pasa a tí, SuperTecno, es bastante curioso. El programa simplemente comprueba si tienes permisos de acceso al puerto de I/O, y por lo general, solo los tiene el root...
Lo que puede estar pasando es que algún demonio del sistema, lpd quizas, controle directamente esos puertos.
Lo que me extraña es que solo te falle el dumper, ya que esta parte del código es identica.

Saludos.