Puede que solo tengas un problema de permisos. Una de las diferencias basicas entre NTFS y fat es poder establecer seghuridad en las carpetas. Mira que en los directorios compartidos tengas los usuarios necesarios para que puedan acceder a estos ficheros. Para hacer pruebas puedes poner "Todos" control total y luego ajustarlo mejor. Recuerda tambien a crear los usuarios que inician sesion en las otras maquinas de la red (98, ME..) en el xp, a no ser que todos utilizeis el mismo nombre de usuario y contraseña.
tener el sistema de ficheros en ntfs no deb hacer que no te funcione la red.

Salud