SuperTecno, lo que te ha pasado me parece de lo más extraño...
Primero, por que lo único que hace el programa cuando enlaza con la cpu es ponerla en modo "debug", y luego escribir unos valores predeterminados en los registros internos de la cpu para comprobar luego que se leen correctamente.
En ningún momento se escribe en la flash, hasta que selecciones la opción, claro.
De todos modos, aún así para escribirla o borrarla, hay que seguir un protocolo en el que hay que confirmar la escritura, con lo cual me parece improbable que se haya borrado/corrompido por que la cpu halla malinterpretado alguna instrucción... pero bueno, a veces tambien se corrompen solas, aunque normalmente es por una descarga ESD (corriente electroestática)...
A pesar de todo, estabas utilizando justo la versión de windows de la que menos me fio... el ME... Tío, prueba con una distro live de linux

jkk33... ¿Para que quieres un manual?
Creo que el funcionamiento del programa es bastante sencillo...

Ej.:

qtvflahser dump.bin 3

y luego seleccionas la opción volcar (ahora mismo estoy en el curro, pero creo que le puse la 1) y a esperar.
Si usas windows, cambia qtvflasher por qtvflash98 para win95/98/ME o por qtvflashxp para winNT/2K/XP.
Por supuesto, con el jtag conectado y el deco encendido...
Sencillo, ¿no?

Saludos.