Veo que teneis algunos problemas con los ts y la mayoria os los esta creando el vcl, que puede transcodificar y encapsular, si, pero esas funciones no esta muy optimizadas que digamos, al menos de momento.

Podeis utilizar algun buen programa de conversion entre formatos y pasar los avi a mpg. Y digo lo de bueno porque os va a tardar lo mismo y:
a) vais a tener menor perdida de calidad, apenas imperceptible porque detectan los cambios entre escenas y tienen buenos filtros de reescalado. El video lo comprimis en mpeg-2, mejor en un standard DVD pal, 720x576 o 352x576
b) no se os va a desincronizar el sonido. Esto se suele producir cuando el audio esta grabado en vbr (bitrate variable) y un buen programa lo detecta y lo corrige. por cierto, el audio ponedlo en mp2 a 128, 160 o 196 kbs

Una vez que teneis el mpg o si ya lo teniais os recomiendo el ProjectX antes que el vcl.
Das a File--add y cargas un mpg (o "m2p", o "vob" ya que no necesitas recodificar un dvd, o un "ts" al que le quieras quitar anuncios); das al boton Prepare y sale una ventana; en ella marcas "to ts" y la cierras; das al boton quickstart y en unos minutos (de 1 a 5 minutos) tienes tu ts al lado del mpg