Pues te digo como lo he hecho:

El 3er. interruptor del Dip (cajita azul con cuatro interruptores) lo tienes que poner en ON de esa manera grabas el NEWD13 en el ATMEL y una vez grabado, se coge y se dumpea primero (conejito) y con el winexplorer y se envían los scripts para escribir.
El 3er. interruptor del DIP lo dejas en ON.

Algunos dicen que para dumpear/escribir, se deben poner los interruptores grandes (los de palnca) el más cercano al smarcard hacia abajo y el mas cercano a la alimentación hacia arriba.
Pero yo he dumpeado y he escrito con los dos interruptores hacia abajo y además ha sido el modo en que más rápido me lo ha hecho y no me he cargado AÚN ningún ATR, pero ya eso lo dejo a tu elección.

Saludos.