Bueno me contesto a mí mismo.

Esas carpetas y archivos .chk son creadas por el scandisk.
Creo que sí se pueden recuperar

http://www.raymond.cc/blog/archives/...d-scandisk/es/

lo único que cada vez tengo menos esperanzas de dejar el disco duro como estaba,
me refiero a lo de la conversión fat32 a ntfs.

Saludos.