No es que la Roomba no vaya a cargar porque detecte que la batería está en mal estado, es que al estar mal la batería, en realidad no se da cuenta de que está agotada hasta el último momento.

Normalmente las baterías, según se van agotando, van variando el voltaje que proporcionan al aparato, y en eso se basan precisamente dichos aparatos para estimar la carga restante. Pero cuando una batería está defectuosa, bien porque esté averiada, o bien ya por desgaste, hay veces que la tensión cae bruscamente, que parece ser lo que te está ocurriendo a ti. En ese caso, la Roomba se encuentra con que pasa de tener una batería medio-cargada (de ahí que el led se encienda en naranja), a tener una batería completamente descargada de repente, y por eso no es capaz de activar el protocolo de búsqueda de la base con tiempo suficiente.