Muchas gracias El_Bejorro, pero el problema estaba en el cable paralelo que no era el adecuado (punto a punto), ahora se me queda clavado en el step 5 set emi y salta al step 6 set emi error, he comprobado que le llega alimentacion al micro de jtag y tiene los 5v, pero en el step 2 el DCU_ID es 0 y creo que deberia salir otra cosa, sabes como puedo comprobar si la comunicación es correcta, como decia antes tengo el JP3 puenteado. Ocurre algo por lo de puentear la r39 y r40 ademas de quitar el Q8.

Espero que el error que he tenido yo con el cable lo puedan remediar otros al leer esto.