Buenas:

VirtualdubMpeg edita los VOB, pero os doy un esquema de lo que yo hago:

1.- Desmultiplexo el VOB, o los VOB convenientemente unidos, con TMPGEnc.
2.- Preparo un script de avisynth con con fichero de video, cargando el plugin necesario para que lea un fichero MPEG2 (mpgdecoder.dll). En este scrip le pongo la instrucción precisa para recortar (crop(izquierda, arriba, ancho, alto)) y lo cargo en el CinemaCraftEncoder para recodificarlo. Más o menos sería así el script:
#Cargamos el plugin
LoadPlugin("...\MPEGDecoder.dll")
#Abrimos el fichero con el video
MPEGSource("...\video.m2v")
#Si quisiéramos quitarle las bandas negras a la peli (ganaremos en la compresión posterior), es necesario "cropear". Suponiendo que tuviera 112 líneas en la parte superior e inferior (si no nos sale el cálculo, pues a ojo)
crop(0,122,720,336) #crop(izquierda, arriba, ancho, alto)
#Si hace falta reajustar el tamaño
BicubicResize(480,576,0,0.75)
Si queremos añadir de nuevo las bandas
#AddBorders(0,120,0,120)
#Forzamos la salida a YUY2, para que el CCE nos entienda y así acabamos.
ConvertToYuy2()
3.- El audio no lo toco y lo dejo en AC3.

Si Pasamos a SVCD con audio AC3 obtenemos una magnífica calidad de imagen con el audio original. Si transcodificamos sin tocar el tamaño se suele ganar bastante espacio sin pérdida aparente de calidad.

Un saludo.