El progdvb captura en formato mpeg pes y lo tienes que pasar a mpeg ps para no tener problemas con ningun programa, usa el pvastrumento en make ps le marcas el packet size de pc-dvd y star.

http://www.offeryn.de/dv.htm

Para cortar el más rápido es el mpg2cut2 http://www.geocities.com/rocketjet4/

Saludos.