El router no lo vas a usar para emitir, no se le pueden cambiar las antenas.

Tendrias que conectar el AP que tienes en la caja de la azotea a una boca ethernet del router, y la antena omni conectarla al AP. Luego tendrias que configurar el AP para emitir la señal que le llega de tu zyxel mediante cable.

Lo de la seguridad .... puedes poner WPA en el ap,es algo mas segura que el WEP.

Salu2