edita el archivo boot.ini que está en el directorio raiz y guarda una copia pinchando en archivo guardar como
a continuacion borra todo y escribe

[boot loader]
timeout=30
default=multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS
[operating systems]
multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS="Microsoft Windows 98" /noexecute=optin /fastdetect
multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(2)\WINDOWS="Microsoft Windows XP Professional" /noexecute=optin /fastdetect

suponiendo que tienes W98 en la primera particion y XP en la segunda y que el directorio donde has instalado el SO es windows en ambos casos,

guarda los cambios y reinicia