El mejor actualmente de largo es Nero Digital Recode 2. Lo puedes encontrar en el pack de nero 7.

Existen muchos tipos de MP4...Este formato es un contenedor de audio,video,otros.. con posibilidad de menus tipo DVD, etc..

La mayoría de los DVD actuales pueden leer algunos archivos codificados con
mp4, en modo "normal" = divX/XVid/etc.
Sin embargo, muy pocos reproducen archivos que se hayan comprimido con el cifrado AVC.

AVC significa Advanced Video Coding (Codificación Avanzada de Vídeo), también conocido como H.264 o código MPEG-4 Parte 10

El h264 pertenece a MPEG, y es un estándar. Pero con el estándar no reproduces, reproduces con implementaciones.
Apple tiene una, Nero otra, MS otra... La implementación libre es x264.

Tiene muy alta calidad a costa de necesitar mas máquina.

Saludos.