Si fuesen cortes del neutro lo tenias que notar en las luces (parpadearian) y los dispositivos con reloj que no llevan pila (microondas, lavadoras video ...) perderian la hora. El contador, en tu caso, es un dispositivo de paso, que mediante un circuito electronico mide el consumo y dependiendo de la hora lo totaliza en una memoria u otra . En el contador no se interrumpen las fases o netro.

No comentas el tipo de reloj que has colocado, me imagino que es de los que la hora de actuacion se programa desplazando unas pestañitas en la rueda horaria. Si asi fuera puede que la que corrsponde a esa hora no esté completamente desplazada y al inicio o final del periodo que controla no desplaza completamente la leva del contacto, por lo que hace intermitentemente hasta que la toca actuar a la siguiente leva.
Para comprobar si esto es como te indico lo mejor es que a las once de la noche (buena hora) pongas el reloj como si fueran las cuatro y cuando lleguen las 23:10 si es lo que yo te comento empezaran los contactores a caer/hacer, pero las luces no notarán nada, y cuando lleguen las 04:10 de la mañana veras como los contactores empiezan a caer y hacer.
En el caso posible de que el reloj fuera electronico, es muy improbable que se viera afectado por las posibles teleseñales o telemedidas, pero si asi fuera y para evitar que te suceda programa que el reloj para la carga a las 04:00 y la reanude a las 04:30 y asi ni te influira sensiblemente en la carga ni estaran entrando y saliendo los contactores durante ese tiempo, ya que entre otras cosas es perjudicial para los contactos.
suerte y ya comentaras