hola compañero respecto a lo que comentas de borrar el bootloader solo, no lo podras realizar asi, pero si gravas un firmware completo, deberia hacerlo eligiendo la opcion de total flash;
no la de firmware. bueno espero haberte aclarado un poco mas. pero si puedes vendria bien primero sacar una copia completa del firmware incluido bootloader, y cuando gravas otro despues puedes comparar los dos firmware deberia una vez gravado ser igual al que tienes fuera.