Debes aprender a depurar los programas, si no empiezas con estos sencillitos .. cuando sean mas grandes te volveras loco

Fijate:

inicializamos cont1 a 0
1ª Entrada en el bucle
Leemos caracter por teclado y lo asignamos a numeros[cont1], cont1=0
Continua la ejecucion del bucle ...
...
Tras finalizar las operaciones incremetamos cont1, asi que con1=1
Chequeamos el valor de numeros[cont1], cont1=1 <-- Aqui esta el error, el valor fue almacenado en numeros[0] y tu compruebas numeros[1]